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Génotypage d’une population de lignées recombinantes de Sorgho (Sorghum bicolor (L) Moench, 1974) avec des marqueurs SSRs

Mémoire de Master II présenté et soutenu par Baye Magatte DIOP le 02 Février 2012 à l’UCAD, Département Biologie Animale, Spécialité : Génétique des Populations

Résumé : Au Sénégal, le sorgho constitue l’une des plus importantes céréales. La sélection pour la tolérance aux moisissures du sorgho est un défi majeur pour accroître sa productivité. La sélection par les marqueurs moléculaires vient en appoint à la sélection classique pour une meilleure efficience. Elle nécessite une maitrise de la structure et de la diversité génétique de l’espèce. La présente étude a permis de génotyper une population de 41 lignées recombinantes de sorgho à l’aide des marqueurs microsatellites afin de voir la structuration génétique et son adéquation pour un programme de recherche de QTL lies à la tolérance aux moisissures du sorgho. La méthode MATAB a servi à faire l’extraction de l’ADN génomique des individus et la migration électrophorétique des amplifiats PCR faite sur gel d’agarose. Deux parmi les quatre marqueurs SSRs utilisés se sont révélés polymorphes. Les matrices obtenues ont été analysées avec Genepop V6.1.76, PowerMarker V3.25 et Treeview V1.6.6. Le taux de polymorphisme des loci est de 50% et le nombre moyen d’allèles par locus de 4. Le taux d’hétérozygotes observé (Ho = 0) dans la population montre que la variabilité génétique est très faible. L’indice de fixation (Fit = 1) montre qu’il n’y a pas de différence entre les lignées. Sept groupes génétiques se sont dégagés au vue du dendrogramme. Ainsi, la population étudiée serait adéquate pour le dit programme de sélection. Cependant, il serait judicieux, dans la suite, d’utiliser des SNPs qui sont plus appropriés en cas de faible variabilité génétique.

Mots clés : Sorghum bicolor, génotypage, marqueurs microsatellites, lignées recombinantes, structure génétique.