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Formation Régionale en Génomique et Amélioration des plantes : phénotypage à grande échelle et utilisation des nouvelles technologies de séquençages (NGS) pour l’analyse génétique et la sélection.

Le Ceraas, en partenariat avec le Cirad, le WAAPP, le CRP Dryland Cereals, l’Icrisat, l’IRD et le LAPSE, organise la 3e formation régionale sur la génomique et l’amélioration des plantes. Cette formation se tiendra du 24 Novembre au 5 Décembre 2014 à Thiès, au Sénégal. Elle a pour but d’offrir aux programmes de sélection en Afrique de l’Ouest une meilleure compréhension de l’utilisation des outils récents issus de la génomique et de la gestion des données. La formation sera dispensée en Français. Elle est principalement destinée aux sélectionneurs impliqués dans l’amélioration des céréales sèches ou aux jeunes chercheurs travaillant dans les domaines de la génétique moléculaire appliquée l’amélioration variétale.
Le programme de cette année vise à apporter un éclairage particulier sur la conduite d’expérimentations de phénotypage à grande échelle et sur l’utilisation des nouvelles technologies de séquençage (NGS). Celui-ci se déroulera sur deux semaines et combinera d’une part des cours théoriques sur les concepts de base pour l’expérimentation à grande échelle, le génotypage et l’analyse génétique et d’autre part des sessions pratiques sur l’utilisation des outils de gestion des données développés par l’Integrated Breeding Platform (IBP), des outils de bioinformatique appliqués au génotypage et des logiciels d’analyse génétique. Les principaux thèmes abordés seront :
Phénotypage :
Quels jeux de données pour l’analyse génétique ?
Conception de plans d’expérimentations de phénotypage à grande échelle
Introduction à l’utilisation du Breeding Management System (BMS) de l’IBP
Saisie électronique et contrôle qualité des données
Génotypage :
Les différents types de marqueurs moléculaires et les spécificités des nouvelles méthodes de séquençage
Méthodes de génotypage par séquençage (GBS)
Bioinformatique :
Analyse des données de séquence pour la production de données GBS
Manipuler, filtrer et analyser les données GBS
Analyse génétique :
Diversité génétique
Cartographie génétique
Analyse QTL et études d’associations
Les différents schémas de sélection assistée par marqueurs


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