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Construction d’une carte génétique sur une population de lignées recombinantes à partir des marqueurs SSR et SNP chez le niébé (Vigna unguiculata)

Mémoire de master II. présenté et Soutenu par Jacques Martin FAYE, Département de Biologie Végétale, Option : biotechnologies végétales et microbiennes, le 18 Décembre 2014.

Résumé : Le niébé [Vigna unguiculata (L.)Walp.] est une légumineuse alimentaire, autogame et
diploide (2n=22), importante en Afrique subsaharienne car ses graines contiennent une forte
teneur en protéines (23 à 32%) et ses gousses et ses feuilles jouent un rôle remarquable dans
l’alimentation humaine et animale. Mais depuis quelques décennies, la sécheresse a
considérablement diminué en quantité et en qualité la production du niébé. A cet effet, la
sélection de variétés tolérantes à la sécheresse via la sélection assistée par marqueurs (SAM)
constitue alors une opportunité pour accroître sa production et son rendement et ainsi lutter
contre l’insécurité alimentaire en Afrique. L’objectif de cette étude consiste à construire des
cartes génétiques distinctes sur une population de lignées recombinantes (RIL) de génération
F10 à partir de 33 marqueurs microsatellites (SSR) et de 83 SNP (polymorphisme
uninucléotidique) chez le niébé et une carte associant les deux types de marqueurs à l’aide du
logiciel de cartographie Map Disto 1.7.5.1. L’analyse du taux de polymorphisme entre les 12
variétés du programme de sélection de l’ISRA était estimé à 58,9% (136 /231) et celui entre
les deux variétés parents de la population de cartographie de 32%. L’analyse des données de
génotypage a été réalisée avec le logiciel Jelly 0.1. Le logiel Spidermap a permis la
représentation graphique des groupes de liaison formés. Pour la carte basée les marqueurs
SSR, 24 marqueurs ont été cartographiés sur 10 GL couvrant une longueur totale de 300,94
cM avec une distance génétique moyenne de 12,5 cM entre marqueurs adjacents. Pour la
carte basée sur les marqueurs SNP, 70 marqueurs ont été cartographiés sur 11 GL couvrant
une distance génétique totale de 409,49 cM avec une distance moyenne entre marqueurs de
5,8 cM. Dix-huit (18) GL ont été obtenus pour la carte fusionnée avec une distance génétique
totale de 763,97 cM. Quarante-huit pour cent (48%) des SSR et 47% des SNP ont montré une
distorsion de ségrégation significative (P<0,05) et ceci en faveur de la variété Mouride.
Même si le nombre de marqueurs utilisé dans cette étude est faible, ces cartes génétiques font
partie des premières à être développées chez le niébé au Sénégal et pourront être utilisées
dans le programme de sélection pour l’identification de QTL et des gènes pour la tolérance à
la sécheresse.

Mots clés  : niébé, tolérance à la sécheresse, Mouride, IT93K-503-1, marqueurs SSR,
marqueurs SNP, carte génétique, Vigna unguiculata.